Molecular modeling tools to improve and expand computational research on synthetic nucleic acids

Promovendus/a: Jérôme Rihon

Promotor(en): Prof. dr. Eveline Lescrinier, Prof. dr. Vitor Bernardes Pinheiro, Prof. dr. Matheus Froeyen

Door het aanpassen van de bekende DNA en RNA moleculen, maken we het mogelijk om ze te gebruiken in de geneeskunde en het veld van biotechnologie. Deze modificaties, genaamd xenobiotische nucleïnezuren (XNAs), hebben al decennialang kunnen genieten experimenteel onderzoek in labo's. Jammer genoeg blijft het computationele in de kielzog achter. Een van de voornaamste is, vanwege dat er een enorme variëteit is aan de mogelijke aanpassingen die aangebracht kunnen worden aan deze moleculen, wordt het moeilijk om deze te nauwkeurig te beschrijven en hun gedrag in kaart te brengen. De grote onderzoeksvraag voor ons is of het mogelijk is om deze karakterisatie tot stand te brengen vanuit een zuiver computationeel standpunt. Hiervoor moeten we software uitbouwen dat ons zal helpen om deze taak te vergemakkelijken, door ze te implementeren in een vlotte worfklow, waarbij de onderzoeker intuïtief te werk kan. Als we voorzichtig, maar zelfzeker zijn met onze assumpties over het statistische gegeven dat moleculaire dynamica is, voorzien we een groot succes met het voorgestelde protocol. Hiermee zullen nauwkeurige voorspellen kunnen maken over het gedrag van de moleculen waar je meer over willen weten.