Unravelling the secrets of aptamer−small molecule complexes with NMR spectroscopy - the TESS.1 aptamer case

Promovendus/a: Sofie Schellinck

Promotor(en): Prof. dr. José Martins, Prof. dr. Annemieke Madder

DNA is een essentieel molecuul dat genetische informatie opslaat en overdraagt, maar het vertoont ook een indrukwekkende diversiteit die ook buiten de genetica nuttig is. In de jaren '90 ontdekten wetenschappers zoals Andrew D. Ellington en Larry Gold het potentieel van oligonucleotiden om specifiek te binden aan andere moleculen, wat leidde tot de ontwikkeling van de SELEX-techniek voor het isoleren van aptameren. Aptameren zijn korte, enkelstrengse DNA- of RNA-sequenties die zich kunnen vouwen tot unieke driedimensionale structuren en hoge affiniteit vertonen voor hun doelmoleculen, wat ze waardevolle tools maakt voor toepassingen zoals biosensoren en gerichte therapieën. Ondanks de toegenomen aandacht voor aptameer onderzoek, zijn commerciële toepassingen vandaag de dag nog beperkt, vooral vanwege het gebrek aan karakterisering van aptameer-targetcomplexen. Dit onderzoeksproject richt zich op het bestuderen van aptameren op moleculair niveau, met NMR-spectroscopie. Specifiek, onderzoeken we de conformatie van het TESS.1 aptameer en de interactie met het target testosterone . De resultaten van deze studie bieden belangrijke inzichten in het TESS.1-testosteron complex, waaronder de identificatie van cruciale nucleotiden en de positionering van beide componenten. Verdere analyse van de data kan leiden tot een 3D-structuur bepaling van het complex, wat het algemeen begrip van aptameer interacties en hun toepassingsmogelijkheden kan bevorderen.